表の理由として、移植性の高いソフトウェアを作成できる点が挙げられます。
　裏の理由として、GNUへの忠誠を示すことができる点があります。

　いずれにしても、今回のような toy programなどで autoconfとautomakeを試してみると、面倒な部分が多く、「本当にこれらを使うことで楽をしているのか？」と疑問を抱くことが多いでしょう。特に、autoconfは、その設定ファイル群の作成（m4マクロ）が面倒です。

　しかし、autoconfを形だけ使っておけば、即座にautomakeが使えるようになり、その後のビルドは快適になります。簡単なMakefileなら、Makefileを手で書くのと手間は変わらないでしょうが、複雑なMakefileならautomakeを使う方が楽になります。

　また、将来、プラットフォーム依存の部分が見つかった時に、すぐに対処できる「可能性」があります。